Autoconf bölümünde (Bkz. Bölüm 4) verdiğimiz Makefile.in dosyasında "install","uninstall" hedefleri yoktu. Tarball'un içinde olması gereken README, INSTALL ve Lisans dosyaları gibi dosyalar yok.
Bütün bunların bir araya getirilmesini sağlayan yazılım automaketir. automake, Makefile.am dosyasını inceleyerek gerekli hedefleri (install, uninstall, dist, clean gibi) yazılımınıza göre hazırlar ve bunun sonucunda Makefile.in dosyasını üretir. Üretilen bu dosyayı configure kullanacağı için, automake'in configure'den önce çalıştırılması gerekmektedir.
Automake kullanırken, configure.in dosyasındaki bazı autoconf makrolarını (AC_*), automake makrolarıyla (AM_*) değiştirmek gerekiyor.
AC_INIT makrosundan hemen sonra AM_INIT_AUTOMAKE(package,version) makrosu çağrılmalıdır. AC_CONFIG_HEADER yerine de AM_CONFIG_HEADER makrosu kullanılmalı.
-- configure.in --
AC_INIT(deneme.c)
AM_INIT_AUTOMAKE(deneme,0.1)
AM_CONFIG_HEADER(config.h)
...
...
...
------------------