autoconf'u daha iyi anlayabilmek için automake aşamasını atlayacağız.
autoconf, configure.in dosyası inceleyerek, orada tanımlanan işleri yapabilecek configure scriptini yaratır. configure scripti ise configure.inde belirlediğiniz, uzantısı .in olan giriş dosyalarını inceleyerek @degisken@ biçimde olan ifadeleri eğer tanımlanmışsa değerleri ile değiştirir. Çıkış dosyasından .in uzantısı kaldırılır.
      -- configure.in --
      ...
      ...
      program_klasoru="/usr/local/deneme"
      AC_SUBST(program_klasoru)
      AC_OUTPUT[deneme.h]
      ------------------
      -- deneme.h.in --
      #define KLASOR @program_klasoru@
      -----------------
      # autoconf 
      # ./configure
      ...
      ...
      ...
      --- deneme.h ---
      #define KLASOR "/usr/local/deneme"
      ----------------
Yukarıda autoconf ve configure'ün çalışma prensibine basit bir örneğe yer verdik. Burada AC_ ile başlayan makrolardan Kısım 4.2 de bahsedilecektir.
Daha geniş kapsamlı bir örnek;
      --- deneme.c ---
      #include <stdio.h>
      #include "config.h"
      int main(int argc, char **argv) {
        printf("Bu programin sürümü %s\n", SURUM);
        return 0;
      }
      ----------------
      --- config.h.in ---
      #define SURUM @surum@
      -------------------
      --- configure.in ---
      AC_INIT(deneme.c)
      dnl C derleyicisini bul ve test et
      AC_PROG_CC
      AC_LANG_C
      dnl surum degiskenini tanimla ve giris dosyalarinda incelenmek uzere gerekenleri yap
      surum="0.1"
      AC_SUBST(surum)
      dnl Makefile.in dosyasını oku ve Makefile'i yarat
      dnl config.h.in dosyasını oku ve config.h'i yarat
      AC_OUTPUT([
      Makefile
      config.h
      ])
      --------------------
      --- Makefile.in ---
      CC = @CC@
      CFLAGS = @CFLAGS@
      all: deneme-bin
      deneme-bin: deneme.c
        $(CC) $(CFLAGS) deneme.c -o deneme
      clean:
        rm -f deneme
      distclean:
        rm -f config.h Makefile
      -------------------
Yukarıdaki mini projeyi aşama aşama uygulayalım:
      # ls
      Makefile.in config.h.in configure.in deneme.c
      # autoconf
      # ./configure
      ...
      ...
      # ls
      Makefile Makefile.in config.h config.h.in configure.in deneme.c
      # make
      ...
      ...
      # ls
      Makefile Makefile.in config.h config.h.in configure.in deneme deneme.c
İlk başlangıçta autoconf çalıştırılarak, configure.in dosyasından configure scripti oluşturuluyor. configure scripti ile Makefile.in ve config.h.in dosyalarının içerisinde @...@ biçiminde yeralan ifadelerin değerleri yerine konuluyor ve Makefile ve config.h oluşturuluyor. make komutu ile derleme işlemi gerçekleştiriliyor.